吴用知道这和尚是个光明磊落的人，便说：“前次我家将军欲与方圣公结盟，但方圣公却只想叫我梁山都成他这大吴国之臣，这是什么道理？”
“贵我两家虽结盟不成，但又非仇雠，故而命我两个前来，一则看看虚实，若能相帮，定然伸出援手；二来也是看看童贯领的西军，究竟是何战力。”
邓元觉当即拱手道谢，石秀与他关系还算不错，便问：“大师，你不是在新安江那里守卫水寨么？如何到了此处？”
邓元觉洒脱一笑：“还能怎地，自然是恶了我家圣公，教我来此处驻守。”
邓元觉也不是专业的造反户，但他前后两次作为使者前往梁山，就对梁山充满了好感。
于是回到睦州后，他先向方腊建议，效仿梁山，训练一支得力的军队，方腊听了他的建议，先练了百余名摩尼教信徒，又以这些人为基础，训练了一支千余人的队伍。
在起事之初，方腊就是靠着这千余训练了数个月的军队，一路攻城略地，可以说有了一支精锐的核心兵力。
但两浙路的百姓，苦朱勔久矣，方腊一起事，百姓纷纷追从，方腊也是来者不拒，迅速扩军至数万。
邓元觉又提议，应当挑选青壮，严加训练，否则数万大军就是乌合之众。
方腊任命的领兵将领，大多是他方家的宗族亲戚、或者是摩尼教核心信徒，这些人自然不肯，因为按照邓元觉的提议，就是自削兵权，拥兵数万与拥精兵万余，他们自然是期望手下越多越好的。
故而邓元觉的这个提议，就得罪了许多人。他本就是僧人，与方腊的摩尼教信仰不大相同，本以为有着共同的目标可以走到一起，哪知道举事刚刚有了起色，邓元觉就遭到了一众方家亲戚们的诋毁。
都说邓元觉去了梁山两次，就被洗脑，成为了梁山的内应，应该将邓元觉驱赶出去。
方腊对邓元觉还是信任的，却也耐不住一群人天天在耳旁吹风诋毁，干脆将这位国师派到了新安江水寨，负责两州之间的要道。
邓元觉本不以为意，就在新安江水寨学着梁山的做派，练就了一支精兵，却被大吴国车骑上将军、方腊的堂弟方肥强行调走。
邓元觉寻思着继续练兵吧，但方腊称帝后，耽于享乐，所谓的大吴国的财政大权，都分散在各州实权派手中，再加上湖州那里朝廷官兵攻打得紧，邓元觉要钱没钱，要人没人，只守着一个空荡荡的水寨。
倒是杜微听说邓元觉在新安江没什么事可做，就向方垕说情，将他调到了林历山，就在山中驻守。
东汉末年三国时期，林历山就屯了一伙山贼，因此是个好地方，位置好，也适合藏兵，邓元觉就在这里驻下，刚刚招募了不足千人在此。